De part sa longueur, la Loire présente d'autres sites protégés sur son cours. 

​

Les autres Réserves naturelles sur la Loire:

 - Réserve Naturelle Régionale Loire Bourguignonne 

 - Réserve Naturelle Nationale du Val de Loire

 - Réserve Naturelle Régionale des Gorges de la Loire

​

Depuis 2000, le Val de Loire est classé sur 280 km patrimoine mondial de l'UNESCO de Sully-sur-Loire à Chalonnes-sur-Loire.

​

La Loire appartient au réseau européen Natura 2000 sur plusieurs tronçons de la source à l'estuaire, que se soit par rapport à la directive Oiseaux ou à la directive Habitats. Dans le département de l'Allier par exemple, l'ensemble de la Loire est classée site Natura 2000 "Val de Loire Bocager", animé par le CEN Allier et inclu l'ensemble de la Réserve naturelle.